Sistem pendidikan dan pengajaran yang yang digunakan di Pesantren Mathla'ul Huda Dalembar adalah dengan penerapan disiplin melalui metode Organisasi Santri yang bermuara pada sifat kepemimpinan.
Adapun untuk mentransformasikan sistem diatas, agar lebih terarah dan mampu berdaya saing dalam menghadapi kompleksitas serta globalisasi zaman, pondok pesantren Mathla'ul Huda memberikan beberapa bekal kepada santri melalui:
Latihan dasar kepemimpinan;
Untuk menunjang kemampuan Santri dalam hal kepemimpinan dan manajemen organisasi yang baik, setiap santri yang telah duduk di kelas 1 (satu) hingga kelas 3 (tiga) diwajibkan mengikuti Latihan Dasar Kepemimpinan.
Materi yang akan diterima oleh peserta beberapa diantaranya materi kepemimpinan dalam Islam yang pernah dilakukan Rosulullah SAW dan para sahabat serta para Tabiin.
Tahfidzul Qur'an
Seluruh santri diwajibkan untuk dapat mengikuti Tahfidz Al-Qur'an dengan metode Ummi/hafalan yang dilangsungkan setiap sore hari. Hal ini bertujuan agar lulusan Pondok Pesantren Mathla'ul Huda menjadi lulusan penghafal Al-Qur'an dan menjadi generasi yang cinta terhadap Al-Qur'an.
Pengajian kitab kuning;
Untuk mempersiapkan generasi Islam yang cerdas dan menguasai keilmuan Islam, para santri akan mendapat pengajaran kitab-kitab kuning dengan metode Bandungan yang dilaksanakan 3 (tiga) kali dalam satu Minggu.
Kitab-kitab yang menjadi bahasan dalam pengajaran antara lain: Akhlaqul Banain (Setiap Hari Rabu Siang), Fathul Qorib (Setiap malam Rabu) dan Ta'limu Ta'lim (setiap malam Kamis).
Pembinaan Tilawah Al-Qur'an
Untuk membekali seni membaca Al-Qur'an santri, di Pondok Pesantren Mathla'ul Huda para santri akan mendapatkan pembinaan dalam Tilawah Al-Qur'an.
Muhadaroh 3 Bahasa
Tantangan zaman kian kompleks dengan munculnya berbagai alat komunikasi canggih. Hal ini turut mempengaruhi meluasnya bahasa secara cepat yang digunakan manusia satu dengan manusia yang lainnya. Dalam dunia modern, bahasa Inggris telah menjadi bahasa trend di kalangan remaja dari semua golongan. Ini pula yang menjadi alasan pesantren mengadopsi Bahasa Inggris sebagai salah satu alat komunikasi para santri, termasuk juga Pondok Pesantren Mathlaul Huda.
Hal mana bertujuan supaya da'wah Islam tidak saja bisa ditransformasikan kepada kalangan masyarakat terbatas dengan bahasa umum kita, namun juga terhadap kalangan-kalangan lain yang bahasanya berbeda dengan masyarakat kebanyakan.
Melalui kegiatan Muhadoroh ini, para santri dilatih untuk menguasai 3 bahasa sekaligus, antara lain: Indonesia, Arab dan Inggris.
Untuk menjawab tantangan zaman sepenuh-penuhnya, pembekalan diatas dirasa belum cukup di era modern ini. Ada kegiatan-kegiatan lain yang sifatnya umum yang juga menjadi agenda rutin pesantren antara lain: Santri diwajibkan membuat karya ilmiah menjelang kelulusannya, Kepramukaan, olahraga dan seni bela diri, Pelatihan Jurnalistik serta yang paling penting membekali santri dengan melakukan praktek Komputer dan agenda-agenda lain yang disesuaikan dengan kebutuhan.